ریاست مجالس اول تا سوم خبرگان رهبری بر عهده آیت‌الله علی مشکینی بود. بیشترین زمان ریاست بر خبرگان نیز متعلق به او است. نایب رییس دوره اول خبرگان، علی‌اکبر هاشمی رفسنجانی بود. نواب رییس در دوره‌های دوم و سوم خبرگان رهبری، به ترتیب هاشمی رفسنجانی و ابراهیم امینی بودند.