امام سپس با اشاره به التزام گرفتن ساواک از وعاظ که به شاه و اسرائیل بدگویی نکرده و نگویند که اسلام در خطر است، اظهار داشت: «تمام گرفتاری‏‌ها و اختلافات ما در همین سه موضوع نهفته است. اگر ما نگوییم اسلام در خطر است آیا در معرض خطر نیست؟ اگر ما نگوییم شاه چنین و چنان است آیا آن طور نیست؟ اگر ما نگوییم اسرائیل برای اسلام و مسلمین خطرناک است آیا خطرناک نیست؟ و اصولا چه ارتباطی و تناسبی بین شاه و اسرائیل است که سازمان امنیت می‌‏گوید از شاه صحبت نکنید، از اسرائیل نیز صحبت نکنید؟ آیا به نظر سازمان امنیت، شاه اسرائیلی است؟»
امام با «غلط» و «مفتضح» خواندن رفراندوم اصلاحات ارضی، به تبلیغات سوء رژیم اشاره کرد و زندگی ساده و بی‏‌آلایش روحانیون را با زندگی تجملاتی و پر زرق و برق شاه و دولتمردان مقایسه کرد و او را از عوام‌فریبی و وابستگی به بیگانگان بر حذر داشت و خطاب به وی فرمود: «من به شما نصیحت می‌کنم ای آقای شاه! ‌‌ای جناب شاه! من به تو نصیحت می‌‏کنم دست از این اعمال و رویه بردار. من میل ندارم که اگر روزی ارباب‏‌ها بخواهند که تو بروی مردم شکرگزاری کنند. من نمی‏خواهم تو مثل پدرت شوی… نصیحت مرا بشنو، از روحانیت بشنو، از علمای اسلام بشنو، این‌ها صلاح ملت را می‌‏خواهند، این‌ها صلاح مملکت را می‌‏خواهند. از اسرائیل نشنو، اسرائیل به درد تو نمی‏خورد، بدبخت، بیچاره!… اگر ما نگوییم اسلام در خطر است آیا در معرض خطر نیست؟ اگر ما نگوییم شاه چنین و چنان است آیا آن طور نیست؟»
در سایر شهرهای ایران نیز وعاظ بر بالای منابر جنایات رژیم شاه را افشا و محکوم کردند. مراسم عزاداری روز عاشورا و فردای آن روز عملاً به تظاهرات سیاسی علیه رژیم شاه تبدیل شد. در تهران دسته‌های عزادار در حالی که تصاویر متعددی از امام در دست داشتند و شعارهایی از قبیل «خمینی خمینی خدا نگهدار تو، بمیرد بمیرد دشمن خون‌خوار تو»، «خمینی بت‏ شکن ملت طرفدار تو، می‌‏رود می‌‏رود دشمن خونخوار تو»، «مرگ بر این دیکتاتور» و… در خیابان‏‌های تهران به راه افتادند. عزاداران از خیابان‏‌های مرکزی شهر عبور کرده و در مقابل کاخ شاه شعارهای کوبنده‌ای سر دادند. دانشجویان دانشگاه تهران نیز در روز یازدهم محرم به جمع تظاهرکنندگان پیوستند و با دادن شعارهایی به نفع امام و دکتر مصدق شور و نشاط بیشتری به تظاهرات دادند. نیروهای انتظامی و نظامی بنا بر دستور، نظاره‌گر تظاهرات بودند و از هرگونه درگیری با عزاداران و یا بازداشت وعاظ و روحانیون خودداری می‌‏کردند و صرفاً موظف به تذکر به آن‌ها در خارج از مجلس و تهیه فهرستی از اسامی آن‌ها بودند. رادیو نیز در روزهای تاسوعا و عاشورا در ساعات مختلف گوشه‌هایی از مراسم عزاداری و نوحه‏‌خوانی دسته‌های عزاداری تهران را که خالی از رنگ‌و‌بوی سیاسی بود، پخش می‌‏کرد. این اقدام گرچه برای رفع اتهام ضدمذهبی بودن رژیم صورت گرفت اما از نظر توده‌های مذهبی و مخالفان سیاسی رژیم به عنوان عقب‏‌نشینی رژیم در مقابل روحانیت تلقی شد.
بازتاب حوادث روزهای ۱۰ و ۱۱ محرم (۱۳ و ۱۴ خرداد) چنان گسترده و عمیق بود که حتی ساواک را وادار به اعتراف کرد. در پایان روز عاشورا و در حالی که تظاهرات عزاداران در روزهای بعد نیز ادامه داشت، کار‌شناسان ساواک گزارش مبسوط و جامعی از بازتاب‏‌ها و نتایج سخنرانی امام و دیگر وعاظ تهیه کردند.
عزاداری مردم قم تا پاسی از شب ادامه داشت. اما پس از اینکه عزاداران به تدریج مساجد، خیابان‏‌ها و کوچه‏‌ها را ترک کرده و به خانه‌های خود بازگشتند، ماموران نظامی ساعت ۳۰: ۲ نیمه شب ۱۲ محرم برابر با ۱۵ خرداد ۴۲ به دور از چشم مردم و بدون سر و صدا از دیوار منزل امام بالا رفته و وارد منزل شدند و برای یافتن ایشان همه حیاط، اتاق‏‌ها و زیرزمین‏‌ها را جستجو کردند ولی امام را نیافتند. از این‏رو به ضرب و شتم تنی چند از خدمه منزل- که همانند شب‏های قبل در حیاط بیتوته کرده بودند- برآمدند تا مخفیگاه امام را نشان دهند. امام از آغاز ماه محرم تا آن شب به دلیل برگزاری مجلس روضه در منزل خود و کثرت رفت و آمد مردم، شب‏‌ها را در منزل فرزندش آقا سیدمصطفی که مقابل منزل خود بود، می‌‏خوابید. در‌‌‌ همان هنگام امام برای ادای نماز شب از خواب برخاسته بود که سر و صدای ماموران را شنید. بلافاصله لباس پوشید و از در منزل خارج شد و خطاب به ماموران فریاد کرد: «روح‌الله خمینی منم! چرا این‌ها را می‌زنید؟ این چه رفتار وحشیانه‌ای است؟ چرا مانند دزدان از دیوار به پایین می‌‏پرید؟»
ماموران از بیم اطلاع مردم و احتمال درگیری با آنان به اندازه‌ای هراسان بوده و عجله داشتند که حتی اجازه ندادند تا امام در میان راه وضو گرفته و نماز بخواند، از این رو ایشان مجبور شد تا تیمم کرده و در ماشین و در حال حرکت نماز صبح را بجا آورد. امام را مستقیماً به سلولی انفرادی در باشگاه افسران تهران برده و در غروب‌‌‌ همان روز به پادگان قصر منتقل کردند.
لحظاتی پس از دستگیری امام، همسایه‏‌ها با خبر شدند و چند دقیقه بعد گروه زیادی از مردم به طرف صحن مطهر حرکت کرده و به بازداشت ایشان اعتراض کردند. جمعیت زیادی در نخستین ساعات صبح روز ۱۵ خرداد در حالی که از دستگیری امام به شدت ناراحت بودند و شعارهای «مرگ بر شاه، درود بر خمینی» و «از جان خود گذشتیم، با خون خود نوشتیم: یا مرگ یا خمینی» می‌‏دادند، روانه منزل مراجع شده و سپس به دنبال حاج آقا مصطفی (فرزند ارشد امام) به طرف صحن مطهر حضرت معصومه(س) به حرکت درآمدند.
مراجع و علمای طراز اول قم در منزل آیت‌الله گلپایگانی تشکیل جلسه داد و با صدور اعلامیه‌ای، دستگیری امام را تقبیح کرده و خواستار آزادی فوری ایشان شدند. تظاهرکنندگان پس از خروج از صحن و در حالی که زنان پیشاپیش مردان قرار داشتند با رگبار مسلسل نظامیان مواجه شدند. برخی از مردم که به چوب و اسلحه سرد مجهز بودند به نظامیان حمله بردند. درگیری و تیراندازی تا ساعت پنج بعدازظهر آن روز ادامه داشت و بر اثر آن صد‌ها نفر از مردم بی‌گناه کشته و یا مجروح شدند. هواپیماهای نظامی رژیم نیز برای ارعاب بیشتر مردم بر آسمان قم پرواز کرده و دیوار صوتی را شکستند.
صبح‌‌‌ همان روز خبر دستگیری امام به تهران رسید. دانشجویان دانشگاه تهران، کلاس‏‌ها را تعطیل کرده و تظاهرات خیابانی کردند. بارفروشان تهران نیز از مرکز شهر به حرکت درآمدند و همراه با سیل جمعیت خشمگین که هر لحظه افزوده می‌‏شد به سمت کاخ مرمر، اداره رادیو واقع در میدان ارک، اداره تسلیحات ارتش در میدان توپخانه، و… حرکت کردند، اما با آتش گلوله و رگبار مسلح نظامیان که در میادین و نقاط حساس مرکزی شهر مستقر بودند مواجه شدند و به خاک و خون غلطیدند. مردم خشمگین که آماج حمله وحشیانه نظامیان قرار گرفته بودند به ساختمان‏‌های دولتی، پاسگاه‌های پلیس و اتومبیل‏‌های نظامی حمله بردند. گروهی از مردم پیشوای ورامین پس از اطلاع از دستگیری امام در حالی که کفن پوشیده بودند به سمت تهران حرکت کردند اما نظامیان مسلح در میان راه به آنان حمله کرده و قتل عام شدند. روز بعد نیز تظاهرات ادامه یافت که با مقابله شدید‌تر نظامیان مواجه گردید.
سرانجام رژیم شاه با کشتار صد‌ها نفر از مردم تظاهرات را سرکوب کرد. در شیراز و مشهد نیز تظاهرات وسیعی برپا شد که به درگیری با پلیس انجامید. در طول سه روز، ده‏‌ها نفر از علما و روحانیون و وعاظ در تهران و شهرستان‏‌ها دستگیر شدند.
پس از فرو نشستن قیام، اسدالله علم نخست‌وزیر، در مصاحبه‌ای با روزنامه هرالد تریبون در روز ۱۷ خرداد ۴۲ تهدید کرد که امام و برخی دیگر از علما، محاکمه نظامی خواهند شد و ممکن است حکم اعدام آن‌ها صادر شود. شاه نیز دو روز بعد طی سخنرانی بیانات امام و تظاهرات مردم را به تحریک و پول بیگانگان- جمال عبدالناصر- دانست زیرا جمال عبدالناصر در آن زمان به دلیل همکاری شاه و اسرائیل روابط خصمانه‌ای با شاه داشت.
در این راستا رسانه‌های رژیم ادعا کردند که شخصی به نام عبدالقیس از بیروت با هواپیما وارد فرودگاه مهرآباد شده و در گمرک مهرآباد حدود یک میلیون تومان پول از او به دست آمده و اعتراف کرده است که ناصر این پول‌ها را برای افراد معینی در ایران فرستاده است. این ادعا مورد انتقاد بسیاری در داخل و خارج از جمله خیلی از نشریات خارجی واقع شد و رژیم هیچ دلیل و سندی در این خصوص ارائه نکرد.
چند روز پس از دستگیری امام ده‌ها نفر از مراجع و علمای ایران به عنوان اعتراض به دستگیری امام و اعلام پشتیبانی از وی، به تهران مهاجرت کردند. بر اثر اعتراض علما و فشار افکار عمومی سرانجام امام پس از دو ماه بازداشت در پادگان نظامی به منزلی در شمال شهر تهران منتقل شد و تحت نظر قرار گرفت.
یک روز پس از انتقال امام (۱۲ مرداد) روزنامه‌های کثیر‌الانتشار کشور مطلبی را به دستور ساواک منتشر کردند تا در نظر مردم چنین وانمود کنند که انتقال امام از زندان به محل جدید به دلیل تفاهمی بوده که میان ایشان و مقامات انتظامی به وجود آمده است. این خبر شایعه‌ای بیش نبود و امام بعداً پس از آزادی کامل و بازگشت به قم در اولین فرصت طی یک سخنرانی آن را به شدت تکذیب کرد.